서울대 국제경제학과를 졸업한 뒤 서울대 경제학부에서 석사와 박사학위를 받고, 미국 스탠퍼드대 후버 연구소에서 객원연구원으로 지냈다. 한국은행에 입행했다가 1998년 KBS에 입사하여 국내 대표적인 경제전문기자로 활동하고 있다. 금융감독위원회 설립과 함께 긴박하게 진행됐던 외환위기 극복 과정과 9.11테러를 뉴욕 현장에서 직접 취재했고, 2008년 글로벌 금융위기 등 굵직한 경제 이슈들을 담당해왔다. 2007년 제34회 한국방송대상 '올해의 보도기자상'을 수상했으며, 그 외에도 방송통신심의위원회, 한국기자협회 등에서 다수의 상을 받았다. 2018~2019년 KBS1라디오 [박종훈의 경제쇼]를 통해 보다 쉽고 재미있는 경제 지식을 전달했으며, 현재 KBS 보도본부 경제전문기자로 활동하고 있다. 지은 책으로 7가지 경제 시그널로 다가올 미래를 예측한 베스트셀러《2020 부의 지각변동》외에 《박종훈의 대담한 경제》, 《지상 최대의 경제 사기극, 세대전쟁》, 《역전의 명수》 등이 있다.